控制系统：是整个洁净实验室-生物实验室运行的神经中枢。由于洁净实验室-生物实验室的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以少的维护人员，运用化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。
空气质量要求
无菌洁净实验室要求室内空气洁净无菌，通常采用过滤器、紫外线灯和负压等技术确保空气质量。根据不同的实验要求，空气质量级别和精度要求也不同。如何保证实验室空气中的微生物和颗粒不污染实验结果，是无菌洁净实验室设计的重点。
墙壁、地面和设备
无菌洁净实验室的墙壁、地面和设备的材料、表面光滑度和清洁度也是设计中重要的因素。这些都必须耐用、易清洁和抗腐蚀。有些实验室需要额外的设计，以便在实验结束后轻松清洁，例如采用洁净间或洁净区等。
建造洁净房架
首先，需要在实验室內部建造洁净房架，建造工作需要找到专业可靠的施工队。在建造洁净房架时，应在结构表面采用新型应力板结构和外挂外墙护板，以保证墙面的光滑度。同时，板的尺寸也应尽可能大，为运输设置预留空间，以避免板接缝处开裂。