台湾有二间店铺宣称是珍珠奶茶发明者。一说台中市经营泡沫红茶店“春水堂”的刘汉介先生，自称于1983年开始实验制作奶茶，又说是店内女职员无意中调制成功。当时所加材料为水果、糖浆、糖渍地瓜、和粉圆。他推出的奶茶刚开始的时候并不受到欢迎，但是偶然机缘下，经一家日本电视节目的访问后，终于吸引了生意人的注意。

另一说则是台南市翰林茶馆涂宗和先生所发明，据称约1987年在鸭母寮市场见得白色粉圆而得到灵感。故早期珍珠为白色，而后才改为黑色今貌。但这两间店皆未申请专利权或商标权，使得珍珠奶茶成为台湾代表性的人民饮料。

1990年代前半，首先是列入“小歇”等连锁泡沫红茶店的菜单，由于泡沫红茶店是咖啡店在台湾流行之前，上班族谈生意与学生聚会的热门场所，珍珠奶茶开始广受学生喜好。接着，在学校附近或补习班密集的地区、夜市等，逐渐出现珍珠奶茶的摊贩。1990年代后期，有业者引进“自动封口机”取代传统杯盖。许多新的投资业者，如航帆食品、乐立杯、绿的梦奶茶、休闲小站、大联盟、快可立等，采用自动封口机开始拓展连锁外带饮料店业务。自此，外带式的珍珠奶茶店成为主流，也因为连锁店的参加，商人开始将珍珠奶茶拓展到全世界，成为台湾国际知晓的知名食物之一。为了争谁才是发明珍珠奶茶，"春水堂"和"翰林茶馆"曾互相告到台湾法院。

提起珍珠奶茶，台中市是发源地，台中市民早享受它迷人的滋味。1987年，台中市政府附近的茶馆首先推出珍珠奶茶，因口感Q软、搭配浓淡合宜的奶茶，滋味超优，原创者就是春水堂现任产品研发部经理林秀慧。林秀慧回忆着说，父母亲曾在菜市场摆摊做生意，她国小起假日必到菜市场帮忙，当时市场里让她印象深刻的，就是一位“粉圆伯”，每天期待的事，就是和哥哥分享一碗热热、粘稠且口感滑Q的粉圆；从此嘴馋时， 她就会动手煮一锅粉圆解馋。